L'attuale Fondazione "Casa natale Pio XI" nasce con atto di donazione della Società Anonima Egidio & Pio Gavazzi a rogito del notaio Innocente Arnaboldi di Desio, datato 22 dicembre 1922, integrato con altra donazione di stabile limitrofo di proprietà di Giuseppe Gavazzi, figlio di Egidio, registrato con atto 20 marzo 1945 a rogito del notaio Antonio Colleoni di Desio.
Per volontà di Pio XI il complesso edilizio della casa con annessa la filanda fu trasformata in Orfanotrofio Maschile, inaugurato dal cardinale arcivescovo di Milano, Eugenio Tosi, il 19 aprile 1925 ed eretta ad Ente Morale con Regio Decreto 24 agosto 1933, n. 1243.
La gestione dell'orfanotrofio fu affidata alla Congregazione dei Figli dell'Immacolata Concezione meglio noti come Concettini che il Ratti chiamò anche in Polonia, quando era Nunzio Apostolico, per fondare l'Orfanotrofio di Pinsk.
La gestione dell' Orfanotrofio andò avanti sino al 1945 quando subentrarono sacerdoti di altre congregazioni. Essi sottostavano ai Prevosti di Desio, nell'ordine: Giovanni Bandera e Luigi Castelli, in qualità di vice presidenti dell'Ente presieduto dall'Arcivescovo di Milano. L'istituzione si protrasse fino al luglio 1971 con la chiusura dell'attività assistenziale a favore dei minori, perché il fabbricato non rispondeva più ai requisiti indispensabili per un internato.
Il complesso immobiliare fu ristrutturato in occasione della visita di S.S. Giovanni Paolo II a Desio il 21 maggio 1983 e ha ospitato sino al 2004 il Liceo artistico e linguistico Papa Ratti attualmente trasferito nel Collegio Arcivescovile Pio XI, a Desio.
Con l'adozione del nuovo Statuto della Fondazione con atto notarile del 30 ottobre 2007 il Presidente del Consiglio di Amministrazione viene nominato dall'Arcivescovo pro-tempore di Milano.
Dal 13 ottobre 2011, il Consiglio di Amministrazione è così composto:

- Giovanni Cucchiani - presidente
- Elio Burlon - vice presidente
- Federico Gallo - consigliere
- Armando Onida - consigliere
- Salvatore Sgroi - consigliere

Collegio Revisori
- Guido Pozzoli - presidente
- Luciano Biella - revisore
- Ivan Rossetti
- revisore